La filosofía de la naturaleza es la ciencia filosófica que ha sufrido más altibajos a lo largo de la historia. En el mundo clásico está en el centro del pensamiento y constituye la piedra de toque de las escuelas; durante la Edad Media ocupa una posición subalterna, aunque importante, dentro de una cosmovisión que ve en el universo la creación de Dios. Con el giro antropocéntrico del Renacimiento aparece un nuevo enfoque en los estudios naturales, conjugando las matemáticas con la experiencia. Al mismo tiempo, la física filosófica recobra importancia y se convierte en escenario de pugna por la primacía. Con el Barroco la ciencia natural alcanza definitiva madurez y pone en apuros el viejo esquema unitario del saber. La crisis se ahonda durante la Ilustración; Immanuel Kant hace un último y agónico esfuerzo para restablecer la situación, pero fracasa y la ruptura entre ciencia y filosofía se produce a comienzos del siglo XIX, sin que hasta el momento se haya dado la reconciliación. La filosofía todavía lucha por recobrar una identidad consensuada y la ciencia se ve confrontada con desafíos cada vez más difíciles de sobrellevar por sí misma. En estas condiciones, la filosofía natural tiene una oportunidad de recobrar sus fueros y contribuir eficazmente a reparar la reinante atomización del saber.