Bohaterem powieści „Heretycy” jest hawański detektyw Mario Conde (w Polsce ukazały się dotąd trzy powieści Leonarda Padury z tej detektywistycznej serii), który na prośbę Amerykanina, Eliasza Kamińskiego, prowadzi dochodzenie w sprawie zaginionego obrazu Rembrandta, który ongiś należał do osiadłej w Krakowie żydowskiej rodziny Kamińskich.

Historia obrazu – podobizny Chrystusa – sięga najpierw do roku 1939, kiedy statek „Saint Louis” z żydowskimi uciekinierami na pokładzie (wśród nich jest rodzina małego Daniela Kamińskiego – przyszłego ojca Eliasza – który wraz ze swym wujem już od kilku lat mieszka w Hawanie), nie dostaje zgody władz na przybicie do hawańskiego portu. Nie spełniły się nadzieje Daniela i jego wuja, że ich rodzina wykupi prawo azylu na Kubie w zamian za będący w ich posiadaniu obraz Rembrandta.

Opowieść cofa się jeszcze dalej w przeszłość, do siedemnastowiecznego Amsterdamu: młody Żyd, łamiąc prawa swojej wspólnoty, zostaje uczniem Rembrandta, a potem, wyklęty jako bluźnierca i heretyk, wraz z obrazem swojego mistrza, ucieka na kresy Rzeczpospolitej, gdzie padnie ofiarą pogromów.

Powieść prowadzi nas ponownie do współczesnej Hawany: śledztwo w sprawie zaginionego płótna Rembrandta (wszystko wskazuje na to, że obraz w roku 1939 znalazł się jednak w Hawanie) doprowadzi Maria Conde do spotkania z innymi heretykami, młodymi ludźmi, wyznawcami kontrkultury emo.